14年前，初号机疑似神化第一形态的觉醒带来近三冲击，使世界发生前所未有的巨变。在此之后，葛城美里（三石琴乃 配音）等NERV旧部出走，成立了反抗seele和NERV的Wille。Wille授命明日香（宫村优子 配音）和真里（坂本真绫 配音）夺回被封印在卫星轨道上的初号机和碇真嗣（绪方惠美 配音），但绝对禁止真嗣登上初号机。感受到周遭的敌意，懵懂的真嗣跟随绫波丽（林原惠美 配音）登上突然入侵的九号机，返回了千疮百孔的NERV总部。在这里，他意外重逢朝思夜想的绫波，还从父亲那里得知自己将和美少年渚薰（石田彰 配音）共同驾驶十三号机。长达14年的空白，期间的沧桑巨变和情感纠葛让真嗣不知所措。而看似温柔的渚薰为他揭开了种种难以置信的真相……
演员: Megumi Ogata
/ 石田 彰
/ 宫村优子
/ 林原 惠
/ 三石 琴乃
/ 山口 由里子
/ 坂本真绫
/ 立木 文彦
/ 清川元梦
/ 伊瀬 茉莉也
/ Miyuki Sawashiro
/ 子安 武人
/ 大冢明夫
/ Anri Katsu
/ 照久 露崎
/ 大原沙耶香
/ Miki Nagasawa
/ 麦人
