只對女性有反應、世界最強的超級兵器「Infinite Stratos（IS）」。因為IS的問世，性別平等被破壞，世界變成女尊男卑的社會。主角「織斑一夏」在高中的入學試驗誤入IS操縱者育成學校「IS學園」的試驗會場並意外地啟動了IS。成為全世界關注的「世界上唯一能操縱IS的男性」的一夏，被政府強制就讀向來只有女性的IS學園，在全校師生對他充滿好奇心的視線下，一夏波瀾壯闊校園生活就此展開。
