揭露以往未能公開的懸案：讓柯南、灰原哀縮小的「APTX4869」藥物的秘辛；青春熱血的「少年偵探團」曾調查過的神祕案件；備受關注的人氣角色的行動及想法將陸續曝光。 高中生偵探工藤新一與毛利蘭在熱帶樂園約會時，意外發現行動詭異的黑衣男子——琴酒等人，新一便發揮他的偵探精神獨自跟蹤他們，沒想到竟被灌下神秘毒藥「APTX4869」。 醒來的新一發現自己居然變成小孩子的模樣……。查覺到自己可能捲入危機，他化名為「江戶川柯南」，一邊寄住在小蘭家中，技巧性的利用過氣偵探毛利小五郎偵破許多案件，並一直尋找著黑衣人的蹤跡，希望有朝一日將其繩之以法，並變回原來的樣子，一篇篇故事就這樣展開......
演員: 木下 桃吉郎
/ 新井泉
/ 山崎 和佳奈
/ 緒方 賢一
/ 小山 力也
/ Yukitoshi Hori
/ Fumihiko Tachiki
/ 田中 秀幸
/ 島本 須美
/ 堀川亮
/ 池田 秀一
/ 玉川紗己子
/ 高島 雅羅
/ 小松 未可子
/ 林原 惠
/ 小山茉美
/ 松井 菜桜子
/ 邪風林
/ 松岡 文雄
