魔法。自从成为真正的技术以来还不到一个世纪，今春，持有施展魔法能力的「魔法师」培育机构「魔法科高中」，某位少女将入学就读。容貌秀丽、完美无缺的优等生，少女的名字为司波深雪。梦想着和一同入学的兄长，达也过着亲密的高中生活，但挡在她面前的是一科生与二科生，优等生与劣等生的高墙。
