在一個晴朗的早晨，正當大木大樹終於鼓起勇氣打算與同學小川杠告白之際，天空中突然閃過了巨大的光芒，除了將地球完全籠罩，也同時石化了地球上的所有人類，就這樣過了 3700 年，身負廣博科學知識的石神千空首先從石化當中甦醒，緊接著半年後大樹也解除了石化，在這人類文明已然消失，重回石器時代的大陸上，千空與大樹一人動腦一人出力，準備利用科學的力量重建人類社會與文明…
